Risque Alpha

5/5

Année : 2016

Nombre de saisons : 1

Durée moyenne d'un épisode : 18 minutes

Genre(s) :

Salut, moi c'est Tristan, je suis médecin de Santé Publique et sur cette chaîne on va se faire une bonne dose d’épidémiologie, un peu d''histoire de la médecine et une lichette de statistiques ! Tout ça pour finir par parler de la médecine du 21ème siècle : "L'evidence Based Medicine" !

Saisons

Saison 1

Épisodes

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Épisode 3 - Ep 3 : L’espérance de vie

14 février 2017

Dans combien de temps allons nous mourir ? Avant le 19ème, mourrait on vraiment à 20 ans ? Pour essayer de répondre à cela nous allons parler ici de l'un des plus important indicateurs de santé et de démographie : L'espérance de vie. *Notes :* Attention : Selon les sources quand on donne "l'espérance de vie à X ans" parfois l'espérance de vie totale (moyenne de l'age) est donnée et parfois c'est l’espérance de vie résiduelle (cb de temps il reste à vivre). L'espérance de vie n'est qu'un indicateur et il faut le prendre comme tel, pour faire des prédictions plus complexes sur "Combien de temps nous allons vivre en 2040" il faut faire des modèles ou l'on prend en compte la progression future de l'espérance de vie. Mais la on ne peut plus faire que des prédictions avec intervalles de confiances etc ... : https://www.insee.fr/fr/statistiques/2496228 D'ailleurs une publication de 1989 qui parle de ce genre de prédictions (et comme on est en 2017 on peut voir ce qu'ils prévoyaient ^^) : http://www.persee.fr/doc/pop_0032-4663_1989_num_44_4_3509 Quant à avoir si l'espérance de vie va stagner ou continuer à progresser dans le futur dépend de beaucoup ... beaucoup d'hypothèses. Alors je vais attendre (49 ans visiblement) pour me faire une idée 😉 *Quelques sources et petites choses intéressantes :* Les sites de l'INED et de l'INSEE évidemment : https://www.ined.fr/ https://www.insee.fr/ Le bilan démographique de 2016 (INSEE) : https://www.insee.fr/fr/statistiques/2554860#Figure5 Table de mortalité de 1806 à 1906 (INED) : http://table_mortalite_bonneuil.site.ined.fr/ Table de mortalité de 2012-2014 : http://www.ined.fr/fr/tout-savoir-population/chiffres/france/mortalite-cause-deces/table-mortalite/ L'espérance de vie depuis 1740 en France : http://www.ined.fr/fr/tout-savoir-population/graphiques-cartes/graphiques-interpretes/esperance-vie-france/ Liens variés avec des courbes de survie : Figure 1.5 : http://publishing.cdlib.org/ucpressebooks/view?docId=ft096n99tf&chunk.id=d0e161&toc.depth=1&toc.id=d0e161&brand=eschol Figure 1-1-10 : https://www.env.go.jp/en/wpaper/1995/eae240000000000.html Figure IV : http://www.persee.fr/doc/adh_0066-2062_1996_num_1996_1_1912#adh_0066-2062_1996_num_1996_1_T1_0106_0000 Figure 4.8 : http://webarchive.nationalarchives.gov.uk/20160105160709/http://www.ons.gov.uk/ons/dcp171776_253938.pdf http://pages.uwc.edu/keith.montgomery/Demotrans/demtran.htm Comment calculer l'espérance de vie : http://images.math.cnrs.fr/Esperance-de-vie.html Ourworldindata pour visualiser l'évolution de la "mortalité à X ans" : https://ourworldindata.org/life-expectancy/ La fiche de l'OMS avec méthodo de calcul de l'espérance de vie : http://apps.who.int/gho/indicatorregistry/App_Main/view_indicator.aspx?iid=65 Discussion sur les différences entre les espérances de vie sur cohorte ou sur tables de mortalités (par période). http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-90-481-9996-9_25 L'espérance de vie dans le passé lointain c'est pas simple. Exemple : une étude de paléodémographie sur l'espérance de vie à 15 ans d'une population de chasseurs cueilleurs préhistoriques suggérant qu'elle était plus proche des 35 ans que des 16 ans précédemment suspectés : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ajpa.23018/abstract;jsessionid=1578A60C4798B0BA1DFBCDAD72976E72.f02t01

Épisode 4 - Ep 4 : James Lind - L'essai clinique

16 mars 2017

Aujourd'hui on vérifie que les traitements fonctionnent avec autre chose que la simple confiance dans les mécanismes biologiques. On fait des essais cliniques ! Et l'un des premier à avoir utilisé cette méthode c'est James Lind... Liens, sources et notes : Le site "The James Lind Library" , une mine de citrons pour comprendre l'histoire de l'évaluation des traitements. http://www.jameslindlibrary.org/ Le traité sur le scorbut à lire en ligne : https://archive.org/details/treatiseonscurvy00lind La chaine Ascl&pios pour en savoir plus sur Semmelweiss : https://www.youtube.com/watch?v=WQVYWUsrfbk https://www.youtube.com/channel/UCDqEttzOpPbDoeC05HRPPDQ On trouve plusieurs versions de la liste des traitements que Lind aurait donné à ces marins, ça ne change pas grand chose au final à ce qu'il démontre... La médecine ancienne avait une vision assez bordélique des maladies. Pour l'historien de la marine Anglaise NAM Rodger souvent la maladie "Scorbut" était donnée aux malades dont on ne savait pas trop ce qu'ils avaient. Des tas d'autres maladies infectieuses pouvaient tuer des marins ... Surtout que le Scorbut induisait des infections opportunistes...Bon mais le scorbut a des symptômes assez simples et clairs. De ce fait de nombreux auteurs pensent que c'était plutôt bien diagnostiqué au final. De la même façon il ne faut pas exagérer les mort dus scorbut. Parfois on peut lire que le Scorbut aurait fait des "millions" de morts chez les marins au 18ème siècle ... Ce qui, selon Rodger toujours, reviendrait à dire que tout les marins de ce siècle sont morts, deux fois, du Scorbut ... Pas très réaliste. Petite histoire du Scorbut sur un navire de la compagnie des Indes (Et jus de tortue) https://www.histoire-genealogie.com/Le-scorbut-sur-un-navire-de-la L'essai clinique de Lind était il "Controlé" ? Hum, les auteurs ne sont pas tous du même avis. De ce que j'ai lu pour lui le groupe prenant de l'eau de mer était un peu son groupe de référence, donc son groupe contrôle. Il avait dans l'idée que c'était peut être l'acidité des traitements qui avait un effet. Dans tout les cas de figure je pense que l'on peut quand même dire contrôlé pour son essai. Il a essayé de maitriser les facteurs de confusions en mettant les marins dans les même conditions de vie et il comparait différent traitement, chacun pouvant être le contrôle de l'autre. La paternité de l'essai clinique c'est un sujet délicat (C'est souvent le cas ... La science n'avance pas souvent par révolution complète), en plus de Avicenne ou Lind on peut aussi citer la bible (Nabuchodonosor et les végétariens ...) ou Ambroise Paré. Mais disons que Lind est le plus connu et le plus abouti. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3149409/ En savoir plus sur le tour du monde du Commodore Anson : https://fr.wikipedia.org/wiki/Voyage_du_Commodore_Anson Pour en savoir plus sur Lind, notamment les discussions qui peuvent exister quant à savoir si il a réellement fait son expérience et pourquoi au final il ne recommandait pas les citrons et oranges. http://www.jameslindlibrary.org/articles/who-was-james-lind-and-what-exactly-did-he-achieve/

Épisode 5 - Ep 5 : Les indicateurs de dispersion

18 mai 2017

Ne nous dispersons pas. L'été arrive, la saison des barbecues est ouverte ! Les consommations moyennes de saucisses c'est bien, mais on peut surement aller un peu plus loin. (A condition de passer sous silence le CIRC) !!! ERRATUM !!! A un moment je dis (5:40) que les écarts à la moyenne (ni carrés ni absolus) sont nuls si la distribution est symétrique. En fait c'est tout le temps le cas, symétrique ou pas ! C'est même le principe de la moyenne :-O Merci à Félix Hinckel d'avoir vu le pbm dans les commentaires et désolé pour l'erreur ! (Ça ne change pas la suite du raisonnement) Notes : Comme dit dans la vidéo, les indicateurs de positions tel que je les ai présentés ici sont des indicateurs sur population totale. C'est a dire qui donnent la dispersion d'un groupe de mesures qui n'est pas, a priori, un échantillon d'une population plus grande. Du coup mes exemples (Chipolatas et comparaison des conduites) ne prennent pas du tout en compte les problématiques d’échantillonnage et d'inférence statistique. Quand je dis qu'il n'y a que 2.5% de chance que mes potes mangent plus de 22 chipolatas au PROCHAIN bbq j'ai (peut être) tord. Je fais la supposition que la moyenne et les écart-types que j'ai mesuré sur les précédents barbecues sont parfaitement similaires à ceux de tous les barbecues que je ferais dans ma vie... Ce qui est peut être exagéré 😉 En réalité, il n'y a que dans 2.5% des bbq ayant déjà eu lieu durant lesquels mes potes ont mangé plus de 22 chipolatas. Pour pouvoir tirer des conclusions sur les bbq du futur ou sur les conductrices/teurs du monde entier, il va falloir ajouter deux trois petits trucs, dont on parlera prochainement. Ecart-Moyen vs. Ecart-Type : Pourquoi plus l'un que l'autre ? Est -ce vraiment pertinent ? Eddigton vs Fisher. Que faut t'il apprendre d’abord aux enfants ? https://www.leeds.ac.uk/educol/documents/00003759.htm http://sru.soc.surrey.ac.uk/SRU64.pdf https://www.edge.org/response-detail/25401 https://melt-institute-resources.wikispaces.com/file/view/MeansMADs.pdf/606243173/MeansMADs.pdf Quelques liens sur les indicateurs de dispersions : http://grasland.script.univ-paris-diderot.fr/STAT98/stat98_4/stat98_4.htm http://www.em-consulte.com/rmr/article/143552 http://www.issep-ks.rnu.tn/fileadmin/templates/Fcad/les_statistiques_descriptives.pdf Albert et les moyennes (Avec des morceaux de quantiles dedans) : https://www.youtube.com/watch?v=uIx2xvdwIIo

Épisode 8 - Ep 7.5 : Les anecdotes en médecine

5 octobre 2017

Suite de l'épisode 7. Dans la médecine "probabiliste" que reste t'il aux anecdotes ? Alors, je parle de l'inutilité des anecdotes pour "démontrer" un lien entre une cause et une maladie. Il est évident que les anecdotes ont d'autres utilités. L'une des plus évidente est qu'elles permettent de donner une expérience indirecte aux médecins cliniciens. Par contre ça se fait de façon propre avec des types d'études dédiés : Les case-report (Rapport de cas cliniques) et les case-series (série de cas). De la même façons quand les cas sont trop trop rare ou trop peu étudié, on ne peut pas faire de statistiques et on est obligé d'utiliser des anecdotes. Logique. Pour en savoir plus : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11182844 Quelques éléments/sources pour aller plus loin : Pour en savoir plus sur Max von Pettenkofer, ou vous apprendrez qu'ilest quand même tombé "un peu" malade en avalant du Vibrio 😉 : http://ocp.hul.harvard.edu/contagion/vonpettenkofer.html https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21432069 Les auto-expérimentations en médecine : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3298919/#n1-10 https://en.wikipedia.org/wiki/Self-experimentation_in_medicine Barry Marshall (Son Nobel fut gagné avec Robin Warren au passage): Un interview de Marshall ou l'on peut voir que même pour lui le probabilisme à été difficile à avaler (^^). Il lui a fallu du temps pour accepter que la majorité des gens contaminés par Helicobacter n'étaient pas malades, même si Helicobacter est clairement en cause. http://www.slate.com/blogs/thewrongstuff/2010/09/09/stress_doesn_t_cause_ulers_or_how_to_win_a_nobel_prize_in_one_easy_lesson_barry_marshall_on_being_right.html Un autre petit lien décrivant bien la construction d'une sorte de mythe autour de Marshall. https://www.chsourcebook.com/articles/hpylori.html Antidépresseur et fonction sexuelles : Des cas clinique de 1983 montrant des problèmes avec la clomipramine (donc anecdotes ayant valeurs d'indices - Pas de preuves) : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7201341 Un essai clinique apportant la preuve qu'effectivement il y a un problème : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9292833 Et comme les effets secondaires ...Bah parfois ça peut servir : Une essai clinique de l'utilisation de clomipramine contre l'éjaculation précoce : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8808861 Pour en savoir plus globalement : https://www.healio.com/psychiatry/journals/psycann/2017-3-47-3/%7Bdecf437a-8f22-446c-923a-19e84670a187%7D/antidepressant-induced-sexual-side-effects-incidence-assessment-clinical-implications-and-management

Épisode 9 - Ep 8 : Proportions & taux de variation

2 novembre 2017

Cette vidéo dure 0.42 plus longtemps que l'épisode précédent. Soit 42 000 pour 100 000 minutes en plus ! Joie ! Alors, j'ai présenté les proportions/fréquences comme des moyennes de variables qualitatives. C'est un peu original/étrange mais cela permet de bien avoir en tête que : - C'est qqch de non pertinent pour un individu unique. - C'est entre 0 et 1 et que donc les % ne sont que des expressions de ces proportions. - Plus tard si on fini par faire des trucs plus velus sur cette chaine une telle vision peut être utile 😉 Alors sur internet on trouve évidemment des flopées de sites pour réviser les proportions et les taux de variation avec des définitions bien plus propres que la mienne ^^ : Ici : http://piaget.psycho.univ-paris5.fr/bases%20Mathematiques/chap2.htm Ici : https://www.google.fr/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=10&ved=0ahUKEwj87Jvk_p3XAhWiCJoKHZ0vCbYQFghgMAk&url=http%3A%2F%2Fww2.ac-poitiers.fr%2Fses%2FIMG%2Fdoc%2FFicheOutilCalculs.doc&usg=AOvVaw2Bmfi6FnZHSUiAo2hn4-mn Ou encore là : https://sesmassena.sharepoint.com/Documents/FICHE%20METHODE%20-%20Comment%20mesurer%20une%20variation%20(2012-2013).pdf Statistiques sur la mortalité de 2016 : Stat mortalité : http://www.healthdata.org/data-visualization/gbd-compare Les risques de thromboses veineuses profondes : Alors c'est plus complexe que ce que j'ai présenté ici (ce n'était certes pas le sujet) les ordres de grandeur de la vidéo correspondent mais il faut savoir que ces risques varient également selon l'âge, le temps de prise de la pilule, la consommation de tabac (mauvaise idée...)etc. dans tout les cas si vous voulez aller plus loin : Le dossier de l'ANSM sur le sujet, avec les risques selon les molécules et plein de liens dans tout les sens : http://ansm.sante.fr/Dossiers/Pilules-estroprogestatives-et-risque-thrombotique/Pilules-estroprogestatives-et-risque-thrombotique/(offset)/0 La bonne revue des familles de la Cochrane pour les amateurs : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/14651858.CD010813.pub2/full Sur la contraception en général la vidéo de VVLD : https://www.youtube.com/watch?v=e2c3RsR-XSc Les variables : Les variables dont je parle sont elles les mêmes que les variables que collectionne Albert ? (https://www.youtube.com/watch?v=ntNF_VIYexQ) Alors pas tout à fait, disons que je parle ici de variables "statistiques", ce que l'on appelle aussi caractères, pas de variables "aléatoires". Mais les deux ne sont pas sans lien évidemment : http://www.jybaudot.fr/Probas/va.html Pour en savoir plus sur les familles de variables : Pour les amoureux de l'accent canadien : https://www.youtube.com/watch?v=ZIuVnUvQb-E Pour les amoureux d'épidémiologie : https://youtu.be/7xoOhEwo7-o (Et toute la chaine de Thierry Ancelle en fait ! :-o) A bientôt ! ^^

Épisode 10 - Ep 9 : I.M.C. - "Être gros ?"

4 janvier 2018

Contrairement à mon chat, on a tous une idée de ce qu’est être gros, pour soi-même et pour les autres… Mais qu'en dit la médecine ? +++Le MASSIF rapport de l'ONU sur l'obésité de 1995 (sur l'anthropométrie en fait) : http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/37003/1/WHO_TRS_854.pdf Vous trouverez par exemple page 329 le passage sur le type d'intervention à recommander (typiquement la perte de poids n'est pas la première intervention à avoir chez les individus en surpoids). +++Articles généraux sur l'IMC : Avec point historique et critique constructive de son utilisation https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4890841/ Republication de l'article de Keys de 74 sur le meilleur indice : https://academic.oup.com/ije/article/43/3/655/2949547 Un peu de Quetelet : https://academic.oup.com/ndt/article/23/1/47/1923176 +++Parole de chat et ma vidéo préférée du moment : https://www.youtube.com/watch?v=hHdFQlqSBA4 +++Niveaux de risque : Alors si vous êtes extrêmement attentifs vous avez remarqué que la courbe que j'ai construite du risque de décès en fonction de l'IMC (09:00) ne semble pas correspondre aux courbes que je montre de l'étude Danoise. Alors déjà bravo, c'est bien vu et l'explication est intéressante et va au-delà de la simple différence de population étudiée. Pour construire la courbe de mortalité que je présente je me suis appuyé sur les données d'une méta-analyse de 2016 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4995441/) et j'ai utilisé les résultats de la figure 2 classe d’âge 39-45 ans. Ces données sont "brutes" c'est à dire non ajustées. L'étude Danoise (https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2520627), elle, présente des résultats ajustés sur différentes variables : l’âge, le sexe, la consommation de tabac etc... Ce qui fait qu'elle donne des risques de mortalité liée à l'IMC "toutes choses égales par ailleurs". C'est à dire par exemple que pour la cohorte 76-78, un IMC=38 implique une multiplication du risque de décès de x1.5 isolément des effets de l'âge / sexe / tabac etc. Là où la méta de 2016 elle, propose les résultats avec plusieurs courbes selon les catégories : la figure 2 montre les différences en fonction des classes d’âge, la figure 3 en fonction du sexe etc... Ce sont 2 façons de présenter les mêmes résultats et elles ont toutes deux des avantages et inconvénients. +++ Comme la description est trop longue j'externalise les notes et sources diverses : https://drive.google.com/open?id=1CNwIakbS2BLpA6ztOZSoMs91ctaI-8RS

Épisode 11 - Ep 10 : Florence Nightingale - Statisticienne passionnée

2 mars 2018

Pas convaincu par les tableaux de John Snow ? Voici Florence Nightingale : Statisticienne passionnée, pionnière des soins infirmiers et figure de la Santé Publique du 19ème ! Notes et sources diverses (La version complète https://goo.gl/QRmRpx) : Le titre de cet épisode est éhontément pompé sur celui d'un article de Lynn McDonald : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9801538 Florence Nightingale a été très malade tout au long de sa vie (ce qui rend tout ce qu’elle a fait encore plus ouf). Ce qui la conduisait à rester enfermé chez elle au repos la plupart du temps. Beaucoup d’hypothèses ont été émises et discutées pour en connaître la nature. Pour en savoir plus : http://journals.sagepub.com/doi/abs/10.1177/0898010109356472?journalCode=jhna http://www.jameslefanu.com/articles/history-of-medicine-what-bugged-florence-nightingale http://www.florence-nightingale-foundation.org.uk/content/page/180/ Concernant la réputation des "nurses" de l'époque victorienne et avant, elle n'était peut être pas aussi franchement horrible que ce que je raconte : - Les professions n'étaient pas forcément très démarquées entre infirmière/sage femme/nourrice et ces professions existaient sous différentes formes souvent liées aux classes sociales (la "parish nurse" issue du peuple, c'est pas la même chose que la "nurse" nonne catholique irlandaise...) - Cette réputation me semble avoir été amplifiée par certains personnages fictifs, notamment de Dickens (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9146274) (même si elles étaient elles mêmes inspirées de faits réels). - Une série de "nurses" du 19ème, comme Eleanor Gallimore ou Mary Compton ont eu déboire avec la justice pour meurtre, notamment d'enfant. Et forcément ça joue un peu sur la réputation de la profession. - La mauvaise réputation des "nurses" pré-Nightingale a pu également servir de justification à la nécessité d'une nouvelle profession "sérieuse". Toutefois, entre certains écrits plus anciens et extraits de descriptions d'époques il y a fort à penser que leur réputation était quand même pas top. Nightingale disait elle-même que les infirmières étaient celles qui étaient " trop vieilles, trop faibles, trop alcooliques, trop sales, trop stupides ou trop mauvaises pour faire quoi que ce soit d'autre" " those who were too old, too weak, too drunken, too dirty, too stupid or too bad to do anything else' Pour en savoir plus : http://jmvh.org/article/florence-nightingale/ https://www.londonlives.org/static/ParishNurses.jsp https://www.gla.ac.uk/schools/medicine/aboutus/history/20thcentury/nursing/ https://www.historytoday.com/lynn-mcdonald/florence-nightingale-social-reformer Au passage je ne suis vraiment pas entré dans les détails de la prise en charge des pauvres et des malades en Angleterre à l'époque (les ancêtres de nos protections sociales d'aujourd'hui) Pour en savoir plus il faut s'intéresser aux almhouses, workhouses et aux poor laws : Wikipédia anglais est un bon début dans ce bordel ! https://en.wikipedia.org/wiki/Poor_Law_Amendment_Act_1834 https://en.wikipedia.org/wiki/Workhouse https://en.wikipedia.org/wiki/Workhouse_infirmary https://www2.bc.edu/michael-clarke/Almshouse.pdf https://www.cambridge.org/core/journals/journal-of-british-studies/article/whigs-and-paupers-the-reform-of-the-english-poor-laws-1830-1834/FDBC3E9B5090C24DAFCFA96B9468EF61 http://www.historyhome.co.uk/peel/poorlaw/elizpl.htm La suite des notes et sources est disponible ici : https://goo.gl/QRmRpx

Épisode 12 - Ep 11 : Taille d'effet. RR, OR, NNT ...

3 avril 2018

Un odds-ratio c'est la même chose qu'un risque relatif ? C'est vite dit ! Alors parlons un peu de taille d'effet ! Même si il paraît que la taille n'est pas très importante ... 😉 Erratum : A un moment je parle de paris sportif. En réalité les cotes en paris se lisent dans l'autre sens 5 contre 1 serait plutôt 5 chance de perdre. Et de toute façon ce n'est pas vraiment ça. Les cotes sont estimés par les bookmakers pour permettre des calculs de gains. C'est certe, lié à la probabilité relative des chevaux de gagner mais pas en calcul réel sur des réussites ou des échecs. (Merci à Max B et Chub AK47) *Liens divers :* La vidéo de Médifact : https://www.youtube.com/watch?v=V95TwVRUekI La vidéo de Grand Angle : https://www.youtube.com/watch?v=vNx1lLpoYQg Je ne mets pas la liste des parodies de logos de chaînes Youtube, faut trouver ^^ (oui j’aime bien perdre du temps avec photoshop !) Zoophilie et cancer du pénis : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22023719 Et j’en ai fait une vidéo épreuve de LCA : https://youtu.be/itcxxPHJXao Vidéos/blog sur la taille de la terre (je les aime toutes les 4, les RR furent mis au hasard 😉 ) : J’ménerve pas j’explique : https://youtu.be/JR7qcSIC9vc E-Penser : https://youtu.be/dZyeKmytFeA Science4All : https://youtu.be/UJGhgTPl-TM Science étonnante : https://sciencetonnante.wordpress.com/2011/10/03/la-mesure-de-la-circonference-de-la-terre-par-eratosthene/ *Sources des exemples :* Fumer RR= 2 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5482174/ Dans les tableaux il y a écrit risque mais il n'y a que des OR : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3296911/ Chat RR=0.92 : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3317329/ (Celle-là est la parfaite illustration du fait que selon la question que vous vous posez plein de réponses sont disponibles : propriétaire de chat ? Actuel ? Passé ? ...etc.) *Pseudo Essai clinique* Bon vous avez compris que le message de mon "essai clinique" des trois vidéos de vulgarisation était de montrer que tout doit être super détaillé et précis et pour montrer la présentation classique de RR dans la littérature ! Mais techniquement je l'ai décrit un peu vite malgré tout : - Je ne précise pas vraiment à quelle question je veux répondre (ce qui est TOUJOURS la base avant de se lancer dans ce genre de choses). - Avec le design que j'ai proposé ça testerait précisément "l'effet spécifique de chacune de ces 3 vidéos sur le niveau à un contrôle de physique de 3ème (en France etc..) par rapport à un article de vulgarisation écrit spécifique. - Et on aurait pu le faire pour répondre (mal) à la question "La vulgarisation en vidéo est-elle plus efficace que de la vulgarisation écrite". Mais ça aurait été très TRES léger comme design pour répondre à une telle question. Au passage le processus PICO permet surtout de se poser des questions précises avant de commencer à chercher dans la littérature si qqch répond à nos questions. Si vous voulez en apprendre plus sur de d de cohen, sur les NNT etc. vous trouverez la suite des commentaires et diverses sources et notes par ici : https://goo.gl/qTs3R2

Épisode 13 - Ep 12 : La santé mondiale !

8 octobre 2018

Aujourd'hui une petite question excessivement simple (non) : Comment va la santé mondiale ? ^^ Sources : Pour cette vidéo c’est assez simple la source est quasi unique : Vous trouverez toutes les représentations graphiques que j’ai présenté dans l’outil de visualisation du Global Burden of Disease ici : https://vizhub.healthdata.org/gbd-compare/ Le site ourworldindata en donne également une analyse et vous présente plein de figures interactives : https://ourworldindata.org/burden-of-disease Erratum : [Ici si nécessaire] Note 1 : Je pense avoir été clair sur le fait que, dans cette vidéo, je m’exprime sur des populations. Quand le GBD représente une liste ordonnée des facteurs de risque responsables des pertes de DALYs ou de décès, il ne s’agit pas d’un ordre de gravité individuelle. Il n’est pas question de considérer que fumer du tabac soit plus grave que les violences conjugales à l'échelle d’un individu. Seulement, à l'échelle de la population mondiale, de par le très grand nombre de fumeurs, le tabac fait perdre énormément plus d’années de vie en bonne santé aux humains. A partir de là, si vous êtes en accord avec la philosophie utilitariste sous-jacente à cet exercice, alors le tabac peut être considéré comme une plus grande priorité que les violences conjugales. De la même façon, je n’ai pas de volonté de “minimiser” les guerres ou les attentats dans le monde. Mais il est raisonnable de rappeler que les accidents de la circulation, dont beaucoup sont évitables, font plus de mort/souffrances à l’échelle mondiale. Sur les 1 055 DALYs pour 100 000 habitants perdus par accident de la route 125 DALYs pour 100 000 habitants étaient attribuable à la simple consommation d’alcool. C’est très comparable au 139 DALYs pour 100 000 habitants perdu par guerre et terrorisme. Note 2 : Concernant le fait que tout soit FAUX je pourrais ajouter à ce que je dis déjà que : - Les facteurs de risque de maladies ne sont pas exhaustifs, beaucoup sont certainement inconnus. - Au delà même, la sélection faite par le GBD peut être discutable. Je pense qu’ils ont intégré les facteurs de risques (et leurs tailles d’effets respectives) possédant un fort consensus, mais cela pourrait être discutable. Note 3 : Concernant la définition des DALYs une petite incohérence avec l’épisode dédié dans lequel je disais il me semble que l’espérance de vie “cible” était celle des Japonais. Alors, c’est une information sur laquelle j’ai du mal à être sûr de moi parce que selon les versions du GBD ça change. Au final la source qui me semble la plus sûre est celle-là : http://www.who.int/healthinfo/global_burden_disease/GlobalDALYmethods_2000_2015.pdf Dans laquelle il est expliqué qu’en fait ils ont choisi l’espérance de vie cible comme la projection de l’espérance de vie des femmes japonaises/coréennes de 2050 = 91.9 ans (que j’aurais dû arrondir à 92 ans, damned !) Note 4 : Quand j’ai préparé ma vidéo ou même les textes des images, je me suis demandé s’il fallait parler du VIH en disant “SIDA” ou “VIH”. Les deux termes ne recoupent pas la même chose. Alors pour rappel : - Le VIH (HIV en anglais) : Virus de l’Immunodéficience Humaine est le virus responsable de la maladie. “Avoir le VIH” ou être “Séropositif” signifie que le virus est présent dans l’organisme. Cela peut avoir lieu sans qu’aucun symptôme n’existe et sans que la vie de la personne infectée ne soit menacée dans l'immédiat. - Le SIDA (AIDS en anglais) est le stade terminal de l’évolution de la maladie pendant lequel le système immunitaire n’est plus en mesure de défendre l’organisme des autres infections. A ce stade et sans traitement, les décès par infections dites “opportunistes” sont alors attendus. Être séropositif n’implique pas impérativement d’être en danger de mort immédiat, alors que être en stade SIDA si. Techniquement certaine études montrent que, les pertes d’espérance de vie, quand les traitement anti-VIH sont accessibles , sont faibles voir inexistantes chez les patients réagissant bien aux traitements. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24556869 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23254417 J’ai fait le choix de dire “SIDA” pour deux raisons : - La catégorie du GBD est AIDS/HIV regroupant les deux. - Parce qu’ici il s’agit, par définition, d’une cause de décès (un peu moins vrai pour les pertes de DALYs). Sans entrer dans la technique d’imputation utilisée par le GBD, je pense que la majorité des DALYs perdus le furent par SIDA. Note 5 : Le GBD 2018 avec les datas de 2017 sort dans 1 mois (le 05/11/2018). Donc n’hésitez pas à y jeter un œil pour voir les nouveautés !

Épisode 14 - Ep 13 : Quand corrélation → Causalité

2 mai 2019

Bon allez...soyons honnêtes deux secondes, l'épidémiologie ce n'est pas juste "compter les morts". C'est surtout comprendre POURQUOI les gens sont morts ! Et ça, ça veut dire : Trouver de la causalité dans des corrélations ! Et il y a un gars qui s'est bien frotté à la question il y a 60 ans : Austin Bradford Hill. Notes : ## La randomisation pour l'essai sur la Strepto : En fait il y avait techniquement déjà eu des essais cliniques randomisés. Mais les méthodes employées (comme par exemple le tirage au sort par une pièce à pile ou face) n'étaient pas satisfaisant car les médecins responsables des inclusions pouvaient influencer les choses (par manque de contrôle / possibilité d'inclure à part etc...) Du coup l'essai sur la Strepto a surtout été innovant car Hill a fait en sorte que la randomisation soit respectée et c'est cela qui a donné une absence de biais. ## Les inventeurs : C'est super délicat en fait de dire que "untel" ou "untel" a découvert ou innové. Je le fais parce que "C'est pas très faux" en général et en situation de vulgarisation j'y vois un sens. J'ai du mal quand on fait du namedroping dans tous les sens. La méthodologie de l'essai sur la Strepto c'est pas que Hill, mais aussi Philip D'Arcy Hart et Marc Daniels. La corrélation c'est plein de monde (et des corrélations aujourd'hui il y en a plein : celle de Pearson, de Spearman, de Kendall ...). D'ailleurs si la corrélation de Galton est appelée corrélation de Pearson (voir Bravais-Pearson) c'est bien qu'il y a plusieurs personnes de concernés ! ## Les études sur le tabac S’il est vrai que c'est la cohorte des médecins anglais qui est particulièrement entrée dans l'histoire sur le sujet (elle était la première, ce fut des décès de médecins qui montraient la relation, la randomisation était originale etc... Il faut quand même ajouter qu'une bcp plus grosse cohorte américaine a suivi en 58 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1551824/) en confirmant les résultats. De la même façon dans les années 40 plusieurs Cas-Témoins étaient relativement clairs eux aussi. (Dont celui de Hill et Doll) ##Epidémiologie nutritionnelle : J'y vais fort sur l'épidémiologie nutritionnelle. En vrai, il y a des tas de choses intéressantes et qui vont au delà des quelques recommandations que vous voyez parfois défiler en vitesse à la TV. Relativement récemment le cas des viandes transformées et de la viande rouge est un exemple. Et de nombreuses initiatives sont en cours comme par exemple NutriNet-Santé : https://www.etude-nutrinet-sante.fr/ En fait c'est surtout une question d'interlocuteur. Je n'ai pas spontanément le même discours sur le sujet avec un épidémiologiste qu'avec un non-épidémio. C'est dommage d'ailleurs, mais le grand public est tellement bombardé de corrélations foireuses que je préfère être exagérément septique... Sachant que ça ne sort pas non plus de nulle part. Ces critiques sont assez courantes et connues envers ce domaine... Notamment John Ioannidis qui est un habitué. Un jour l'épidémio-nutritionnelle prendra certainement sa revanche sur cette chaîne 😉 ##Critères de Bradford Hill : Au début je voulais vraiment en faire que 3 ou 4 et les détailler un peu. Mais au fur et à mesure de l'écriture j'en rajoutais... Et du coup le résultat est un peu étrange parce que je parle de tous sauf 1 ! Bon il y en a 9 et j'en ai parlé de 8. Celui qui manque est le critère d'analogie. Et c'est assez souvent qu’il passe à la trappe... Pourtant il ne mérite pas ça. Cet article parle un peu plus en détails de lui : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29609873 ##Consommation de tabac et cancers Clairement la conso de tabac et les cancers sont surtout des problèmes qui sont devenus majeurs au XXème siècle. Même s’il est vrai que les consommations et les K pulmonaires ont vraiment commencé a augmener au cours du XIXème. Avec du recul je mettrais un bémol sur ma source concernant la consommation des cigares. Ce n'est pas le coeur du sujet de la vidéo mais il aurait fallu que je creuse un peu plus(https://www.persee.fr/doc/hes_0752-5702_1988_num_7_4_2394) ##Faut il systématiquement avoir d'abord la corrélation puis chercher des mécanismes ? La il y a de quoi débattre. Mais en situation d’incertitude sur l’existence d’un facteur je pense que oui. Evidemment, pour les cas grossiers ou caricaturaux, il n’est pas nécessaire de faire cela. De façon un peu exagérée on peut revenir à cette publication qui montre que l’on n’a jamais objectivé aucune corrélation entre l’usage de parachute et la chute libre … https://www.bmj.com/content/363/bmj.k5094 C’est vrai … Mais au cour du XXème siècle on a tué pas mal de gens en croyant avoir tout compris de certains mécanismes biologiques et en croyant que des corrélations étaient évidentes et donc inutiles … On en reparlera ! "Pour aller plus loin" et sources ici : https://docs.google.com/document/d/1EwfJ-84oCZmvFXb1C4g_YYakJyoQaAlNljQWp5uG6D8/edit?usp=sharing

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